Naturschutz ist eine der drei Funktionen, die ein Biosphärenreservat zu erfüllen hat. Naturschutzmaßnahmen im Biosphärenreservat Flusslandschaft Elbe-MV orientieren sich an den Leitzielen des Biosphärenreservates

• Schutz des Naturhaushaltes und der biologischen Vielfalt und
• Entwicklung nachhaltiger Nutzungsformen.

Mit der Erhaltung und Sicherung des Landschaftsraumes und Naturhaushaltes wird die Grundlage für die nachhaltige Nutzung der Flusslandschaft Elbe geschaffen. Diese bildet gleichzeitig die Voraussetzung für die Entwicklung zu einer Modellregion, in der neue Ansätze umgesetzt werden sollen, die den Schutz des Naturhaushalts und die Entwicklung der Landschaft als Lebens-, Wirtschafts- und Erholungsraum miteinander verbinden. Aufgrund der landschaftlichen Besonderheit eines eiszeitlich geprägten Urstromtales und des heutigen Stromtalcharakters sind folgenden Ziele von besondere Bedeutung für Naturschutzprojekte:

• Erhaltung, Wiederherstellung und naturnahe Entwicklung des Flussgebietssystems der Elbe und ihrer Nebenflüsse wie z. B. Sude, Schaale und Rögnitz.
• Erhaltung und Wiederherstellung eines naturraumangepassten Wasserhaushaltes im Flussgebietssystem des Elbetals.
• Erhaltung und Entwicklung der aktiven Stromaue mit ihren offenen Grünlandkomplexen und darin eingelagerten Auenstrukturen, insbesondere der Auwälder, Gewässer, Binnendünen sowie Steilufer.
• Erhaltung und Entwicklung als international bedeutsames Vogelschutzgebiet. Leitarten sind vorrangig der Weißstorch sowie die Gast- und Zugvögel, insbesondere die nordischen Gänse und Schwäne.
• Erhaltung und Entwicklung als Lebensraum auentypischer, häufig gefährdeter Pflanzen- und Tierarten. Für den Pflanzenartenschutz hat die Erhaltung aller Sonderstandorte, d.h. besonders trockener, nasser oder nährstoffarmer Biotope, einen besonderen Stellenwert. Leitarten für den Tierartenschutz sind insbesondere Biber, Rotbauchunke und andere gewässergebundene Arten.
• Förderung einer naturverträglichen und nachhaltigen Raumnutzung in den Bereichen Land- und Forstwirtschaft, Fischerei und Jagd, Infrastruktur- und Siedlungsentwicklung sowie gewerbliche Wirtschaft.
  
  

Mit verschiedenen Projekten im Bereich Naturschutz fördert das das Biosphärenreservat die nachhaltige Entwicklung der Flusslandschaft Elbe. Entsprechend der Schutzgebietskategorien (Landschaftsschutz-, Naturschutz-, Vogelschutz- und FFH-Gebiet) konzentrieren sich die Projekte auf die Bereiche

• Renaturierungsvorhaben sowie
• Biotop- und Artenschutz.